Nếu người già, người mắc bệnh cao huyết áp, mỡ trong máu cao, bệnh ở động mạch vành sử dụng mật ong trước khi đi ngủ sẽ làm cho nhịp tim đập chậm, tăng độ đông máu, ảnh hướng cục bộ tuần hoàn máu, dẫn đến tắc máu não.
Trong mật ong chứa một số chất có tác dụng đối với trẻ suy dinh dưỡng nhưng trẻ nhỏ không nên sử dụng mật ong trong thời gian dài. Vì mật ong có thể làm cho trẻ phát dục thất thường hormon tuyến thượng thận, tác dụng ức chế đường phân giải, tăng cao lượng đường trong máu.
Người phải dùng thuốc điều trị bệnh về tuyến thượng thận sử dụng đồng thời mật ong sẽ dẫn đến tăng cao lượng đường trong máu, dẫn đến bệnh tiểu đường.
Đường trong mật ong còn phát sinh phản ứng với paracetamol, hình thành thể phức hợp, làm giảm hiệu quả trong quá trình sử dụng thuốc. Vì thế khi dùng thuốc paracetamol không nên dùng kết hợp với mật ong.
Nhân sâm mật ong là thuốc bổ kết hợp những ưu điểm của mật ong và nhân sâm nhưng nó lại làm cho tử cung bị thu hẹp, dẫn đến sinh trưởng và phát dục ở thai nhi gặp trở ngại. Bởi vậy, trong quá trình mang thai, phụ nữ không nên dùng mật ong.
Thời gian sử dụng mật ong tốt nhất là sau bữa sáng 1 giờ hoặc 2 giờ sau bữa ăn trưa, uống trong thời gian này không chỉ tránh được những rủi do ngoài ý muốn do độ đông của máu quá cao mà còn có tác dụng trợ giúp hô hấp, tiêu hóa của cơ thể.